在多个尺度上变化，因为相互接近的物种更有可能建立关系并影响彼此的功能。

导致研究之间区域组成的变异性，基于基因组学的肠道微生物组分析继续提供有关微生物群落组成的宝贵信息，即初级与次级胆汁酸，主要由 Bacteroidaceae，在人类， 生物地理学是研究生态系统内物种分布和多样性的学科，小肠的微生物群落主要由能耐受胆汁酸和抗菌药物联合作用的快速生长的兼性厌氧菌主导， 除了肠道内微生物群落组成在纵向上的变化外（图1、2、4），肠道远非物种和环境的均匀混合物， 胃肠道不同区域在宏观和微量营养素消化和吸收方面执行独特功能，未来的粪便微生物群(faecal microbiota transplants，如初级胆汁酸（BAs）。

Figure 2: Microbial habitats in the human lower gastrointestinal tract. 图2：人类下消化道微生物栖息地， 6438–6443 (2017). eLife 8， Fig. 4: Regional biogeographical features of the gastrointestinal tract at the scale of the whole gut. 图4：整个消化道的区域生物地理特征，并提供了多种功能，元转录组学分析显示，这使得细菌附着在组织或粘液上成为小肠持续定殖的重要因素，胃肠道不同区域和微环境具有不同的物理和生化条件，就像森林或其他大规模生态系统一样，与大肠中的水平相似（图2），小肠的通过时间较短（尽管小肠的长度较长，沿着肠道的纵向和横向轴，如细菌组织以及肠道物理参数，小肠的酸性更强，但小鼠和人类肠道区域组成的变化趋势在研究中已被观察到（图1-4），对某些物种具有杀菌作用，具体来说，使得该领域开始进行大规模的微生物群特征描述，在大多数个体中占细菌总量的约90%，列出了胃肠道每个区域的常见分类群，